LFKU blev stiftet i 1996. Mange selvstændige frikirker havde på dette tidspunkt et godt organiseret børne- og ungdomsarbejde, men var ikke tilknyttet en landsforening.
Der var samarbejde mellem flere af de større frikirkelige børne- og ungdomsforeninger om afholdelse af fælles arrangementer, blandt andet rejser til udlandet. Blandt disse foreninger blev der taget initiativ til at oprette LFKU og i samarbejde med DUF blev otte lokalforeninger samlet og organiseret i landsforeningen LFKU.
Over tid steg behovet for at udvikle frivillige ledere, udvikle internationalt arbejde og for at hjælpe lokalforeningerne med de administrative procedurer, der er nødvendige for foreninger Danmark.
Det blev endvidere klart, at der var et ønske om og et behov for udvikling af arbejdet for og med børn. Således blev og er LFKU en forening for både børn og unge.
Et fast holdepunkt for alle var og er vores kristne livsholdning om at danne børn og unge til selvstændigt at kunne tage stilling til den kristne tro på Jesus Kristus
Igennem årene er der kommet flere foreninger til og LFKU består pt. af over 30 lokalforeninger fordelt over hele landet.